O Conselho Superior (Consup) é o órgão máximo do Instituto Federal, possui caráter consultivo e deliberativo, e tendo o Reitor como presidente, e representação de áreas diversas, tais como docentes, técnicos-administrativos, discentes, egressos, representantes da sociedade civil, representante do Ministério da Educação (MEC), e representação do Colégio de Dirigentes (Codir).
Compete ao Conselho Superior aprovar as diretrizes para atuação do IFMT e zelar pela execução de sua política educacional; aprovar as normas e coordenar o processo de consulta à comunidade escolar para escolha do Reitor do IFMT e dos Diretores Gerais dos Campi; aprovar os planos de desenvolvimento institucional e de ação e apreciar a proposta orçamentária anual; aprovar o projeto político-pedagógico, a organização didática, regulamentos internos e normas disciplinares; aprovar normas relativas à acreditação e à certificação de competências profissionais, nos termos da legislação vigente; autorizar o Reitor a conferir títulos de mérito acadêmico; apreciar as contas do exercício financeiro e o relatório de gestão anual, emitindo parecer conclusivo sobre a propriedade e regularidade dos registros; deliberar sobre taxas, emolumentos e contribuições por prestação de serviços em geral a serem cobrados pelo IFMT; autorizar a criação, alteração curricular e extinção de cursos no âmbito do Instituto, bem como o registro de diplomas; aprovar a estrutura administrativa e o regimento geral do Instituto, observados os parâmetros definidos pelo Governo Federal e legislação específica; e deliberar sobre questões submetidas a sua apreciação.
